FAIRness und Datenintegration in der Medizininformatik

FAIRe Daten. Insbesondere bei klinischen Studien ist es – selbst für Mediziner*innen – nicht immer einfach, Studienergebnisse nachzuvollziehen. Das Medical Informatics Laboratory (MILA) um Prof. Waltemath erarbeitet Standards und Guidelines, um Studien mit medizinischem Bezug FAIRer zu gestalten, d.h. den FAIR-Prinzipien (Findable = auffindbar, Accessible = zugänglich, Interoperable = interoperabel/zusammenführbar, Reusable = wiederverwendbar) entsprechend zu dokumentieren und auszutauschen.

Daten harmonisieren. Die Qualität der Daten spielt bei der Informationsintegration und -auswertung eine entscheidende Rolle. In der Medizin können Fehler in den Daten zu falschen Schlussfolgerungen und damit im schlimmsten Fall zu schweren Folgen für Leben und Gesundheit von Patient*innen führen. Die Entwicklung von Techniken der Datenintegration und -bereinigung ermöglicht die Harmonisierung von Forschungsdaten, wodurch Analysefehler reduziert und bessere Vorhersagen getroffen werden können. MILA forscht insbesondere zu Möglichkeiten der verbesserten Datenqualitätsprüfung und der Datenbereinigung.

Daten verknüpfen. Die Erstellung virtueller Studien in der Systemmedizin und deren praktische Verwendung im klinischen Kontext sind oftmals zwei getrennte Prozesse. In vorwiegend theoretischer Forschung untersucht MILA derzeit, ob durch die Verlinkung der jeweiligen Domänen-spezifischen Ontologien komplexere Fragestellungen untersucht sowie passende Modelle und Daten effizienter zusammengeführt werden können. Als Technik im Hintergrund werden dazu Graph-Strukturen genutzt, welche effiziente und umfängliche semantische Anfragen ermöglichen.

Kompetenzen im Bereich der künstlichen Intelligenz und Data Science

  • Sicherstellung der Datenqualität durch Data Profiling und Standardisierung
  • FAIRe Datendokumentation und -austausch
  • Graphdatenbanken und deren Anwendung
  • Wissensintegration mittels Ontologien

Prof. Dr.-Ing. Dagmar Waltemath

Medizininformatik & Core Unit Datenintegrationszentrum, Universitätsmedizin Greifswald

Dipl. Inf. Ron Henkel

Medizininformatik, Universitätsmedizin Greifswald

Ausgewählte Projekte

MIRACUM – Informatik in der Universitätsmedizin

Im Projekt MIRACUM (Medical Informatics in Research and Care in University Medicine) erfolgt eine standortübergreifende Erfassung klinischer Versorgungsdaten. Dabei werden Daten für die Forschung aufbereitet, insbesondere im Bereich der Medizininformatik. Neben der reinen Datenanalyse werden auch weiterführende ethische Fragestellungen, wie die Patienteneinwilligung, bearbeitet sowie Verfahren zur Datenstandardisierung und zum Datenaustausch entwickelt. Als langfristiges Ziel wird die Einführung der digitalen Patientenakte angestrebt. Am Standort Greifswald wird hierzu unter Federführung von Prof. Waltemath ein Datenintegrationszentrum aufgebaut und betrieben.

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Nationale Forschungs­daten­infra­struktur für den Bereich Gesundheit

Als Teil der nationalen Forschungsdateninfrastruktur entwickelt das Team um Frau Prof. Waltemath standardisierte Datenformate sowie Best Practices für die Bereitstellung von Gesundheitsdaten für die Forschung. Die Studienbeschreibungen werden dabei harmonisiert und deren Daten für Analysen zusammenführt sowie nach dem FAIR-Prinzip für die spätere Nachnutzung aufbereitet.

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MaSyMoS

Im Projekt MaSyMoS (Management System for Models and Simulations) wird eine graphbasierte Datenspeicherung für effiziente Suche und Ähnlichkeitsbestimmung in Simulationsstudien der Systembiologie und Systemmedizin auf Basis einer Graph-Datenbank entworfen. Dazu werden Informationen aus verschiedenen Domänen, z.B. Modelle, Simulationsbeschreibungen und Ontologien, extrahiert und in geeigneter Weise verknüpft.  Dies ermöglicht das Abfragen von Wissen als klassische wortbasierte Suche und kombiniert diese mit strukturierten Anfragen auf Wissensgraphen.

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